Jasper de Boer
- Telefoon: +31 6 48765432
- E-mail: jasper.deboer@email.com
- Locatie: Utrecht, Netherlands
- LinkedIn: jasper-deboer-bioinformatics
Samenvatting
Vier jaar ervaring in bioinformatica met een bewezen staat van dienst in het ontwikkelen en toepassen van geavanceerde computationele methoden voor de analyse van grootschalige genomische data. Gespecialiseerd in variantdetectie, functionele annotatie en het ontwerpen van pipelines voor next-generation sequencing (NGS).
Sterk in het vertalen van complexe biologische vraagstukken naar oplosbare computationele problemen en het leveren van inzichtelijke resultaten die bijdragen aan biomedisch onderzoek en diagnostiek.
Werkervaring
Bioinformatica Wetenschapper, Genomics Centre Utrecht -- Utrecht, Netherlands
Maart 2022 – heden
-
Ontwikkelde en implementeerde een geautomatiseerde pipeline voor de analyse van WGS-data (Whole Genome Sequencing), wat leidde tot een reductie van 30% in verwerkingstijd en een verbetering van 15% in de nauwkeurigheid van variantdetectie.
-
Voerde complexe statistische analyses uit op transcriptomics-data (RNA-seq) om differentiële genexpressie te identificeren, wat resulteerde in de ontdekking van 5 nieuwe biomarker-kandidaten voor een neurodegeneratieve ziekte.
-
Werkte samen met klinische onderzoekers aan de interpretatie van genetische varianten en droeg bij aan 3 peer-reviewed publicaties over de genetische basis van zeldzame ziekten.
-
Beheerde en optimaliseerde high-performance computing (HPC) bronnen voor de bioinformatica-afdeling, waardoor de efficiëntie van data-analyse workflows met 20% toenam.
Junior Bioinformatica Analist, Utrecht Medical Biobank -- Utrecht, Netherlands
Augustus 2020 – Februari 2022
-
Assisteerde bij de ontwikkeling van bioinformatica-tools voor de kwaliteitscontrole en pre-processing van NGS-data, wat de data-integriteit met 25% verbeterde.
-
Voerde data-extractie en -integratie uit van diverse genomische databases, ter ondersteuning van grootschalige associatiestudies (GWAS).
-
Creëerde interactieve visualisaties van genomische data met behulp van R/Shiny, waardoor complexe resultaten toegankelijker werden voor niet-bioinformatici.
-
Documenteerde bioinformatica-workflows en scripts, wat de reproduceerbaarheid van analyses binnen het team bevorderde.
Opleiding
Universiteit Utrecht, MSc in Bioinformatica -- Utrecht, Netherlands
September 2018 – Juli 2020
Wageningen University & Research, BSc in Moleculaire Levenswetenschappen -- Wageningen, Netherlands
September 2015 – Juli 2018
Vaardigheden
Programmeertalen & Tools: Python (Pandas, NumPy, Biopython), R (ggplot2, Bioconductor), Bash, Snakemake, Nextflow, Git, Docker
Genomische Analyse: Next-Generation Sequencing (NGS), WGS, RNA-seq, ChIP-seq, variantdetectie (GATK, samtools), genoomassemblage, functionele annotatie, GWAS, metagenomica
Biologische Databases: NCBI, Ensembl, UCSC Genome Browser, UniProt, OMIM, gnomAD
Statistische Analyse: Hypothesetesten, regressieanalyse, machine learning (scikit-learn), clustering, dimensionaliteitsreductie
Besturingssystemen: Linux, macOS
Overige Vaardigheden: Data-visualisatie, pipeline-ontwikkeling, high-performance computing (HPC), projectmanagement, wetenschappelijke communicatie