سارا حسینی

• تلفن: +98 912 765 4321
• ایمیل: sara.hosseini@email.com
• موقعیت: تهران، ایران
• LinkedIn: sara-hosseini-bioinfo

خلاصه

با 5 سال سابقه در تحلیل داده‌های بیوانفورماتیک، به توسعه الگوریتم‌های پیشرفته برای تفسیر داده‌های توالی‌یابی نسل جدید و شناسایی نشانگرهای زیستی در بیماری‌ها می‌پردازم. تجربه موفق در مدیریت پروژه‌های تحقیقاتی از طراحی آزمایش تا انتشار نتایج و همکاری با تیم‌های چند رشته‌ای برای دستیابی به اهداف علمی و کاربردی دارم.

تخصص در طراحی پایپ‌لاین‌های بیوانفورماتیکی مقیاس‌پذیر و بهینه‌سازی فرآیندهای تحلیل داده برای افزایش دقت و کارایی، منجر به شناسایی و اعتبارسنجی چندین هدف دارویی جدید در سرطان شده است.

مسلط به زبان‌های برنامه‌نویسی پایتون و R و ابزارهای کلیدی بیوانفورماتیک، با توانایی ارائه راهکارهای نوآورانه برای چالش‌های پیچیده در تحقیقات ژنومیک و پزشکی دقیق.

سوابق کاری

دانشمند ارشد بیوانفورماتیک, شرکت داروسازی سیناژن -- تهران، ایران

مارس 2021 – حال

• توسعه و پیاده‌سازی پایپ‌لاین‌های تحلیل داده‌های RNA-seq، ChIP-seq و WGS برای شناسایی اهداف دارویی جدید، منجر به کشف 3 کاندیدای دارویی با پتانسیل بالا.

• مدیریت پروژه‌های تحلیل ژنومیک مرتبط با سرطان و بیماری‌های متابولیک، کاهش زمان تحلیل داده‌ها تا 30% با بهینه‌سازی کد و استفاده از منابع محاسباتی ابری.

• همکاری با تیم‌های زیست‌شناسی مولکولی و داروسازی برای اعتبارسنجی نتایج بیوانفورماتیکی و ادغام داده‌ها در تصمیم‌گیری‌های تحقیق و توسعه.

• ارائه آموزش و راهنمایی به دانشمندان جوان‌تر در زمینه ابزارهای بیوانفورماتیک و بهترین روش‌های تحلیل داده، افزایش بهره‌وری تیم تا 20%.

دانشمند بیوانفورماتیک, مرکز تحقیقات ژنتیک و بیوتکنولوژی -- تهران، ایران

سپتامبر 2018 – فوریه 2021

• تحلیل داده‌های توالی‌یابی اگزوم کامل (WES) برای شناسایی واریانت‌های ژنتیکی مرتبط با بیماری‌های نادر، منجر به انتشار 2 مقاله در مجلات معتبر.

• توسعه اسکریپت‌های پایتون برای خودکارسازی فرآیندهای پیش‌پردازش و کنترل کیفیت داده‌های NGS، کاهش خطاهای دستی تا 15%.

• تجزیه و تحلیل داده‌های میکروبیوم برای درک نقش جوامع میکروبی در سلامت و بیماری، ارائه بینش‌های جدید به پروژه‌های تحقیقاتی.

• همکاری در طراحی و اجرای آزمایش‌های بیوانفورماتیکی، اطمینان از صحت و تکرارپذیری نتایج.

تحصیلات

دانشگاه تهران, دکترای تخصصی (Ph.D.) در بیوانفورماتیک -- تهران، ایران

سپتامبر 2016 – سپتامبر 2020

دانشگاه صنعتی شریف, کارشناسی ارشد (M.Sc.) در بیوانفورماتیک -- تهران، ایران

سپتامبر 2014 – سپتامبر 2016

دانشگاه شهید بهشتی, کارشناسی (B.Sc.) در علوم کامپیوتر -- تهران، ایران

سپتامبر 2010 – سپتامبر 2014

مهارت‌ها

زبان‌های برنامه‌نویسی: پایتون (Pandas, NumPy, SciPy, Biopython), R (ggplot2, Bioconductor), Bash/Shell

ابزارهای بیوانفورماتیک: BLAST, Bowtie2, BWA, GATK, SAMtools, BEDTools, DESeq2, EdgeR, Trinity, CD-HIT

تحلیل داده‌های NGS: RNA-seq, ChIP-seq, WGS, WES, Single-cell RNA-seq, Metagenomics

پایگاه‌های داده بیولوژیکی: NCBI, Ensembl, UCSC Genome Browser, UniProt, KEGG, GO

سیستم عامل و محاسبات ابری: Linux/Unix, Docker, AWS (EC2, S3, Batch)

تجزیه و تحلیل آماری: آمار توصیفی و استنباطی, تست فرضیه, یادگیری ماشین (رگرسیون, طبقه‌بندی, خوشه‌بندی)

نرم‌افزارهای تجسم داده: R (ggplot2), Python (Matplotlib, Seaborn), IGV