Chloé Lefèvre
- Téléphone: +33 6 12 34 56 78
- E-mail: chloe.lefevre@email.com
- Localisation: Lyon, France
- LinkedIn: chloe-lefevre-bioinfo
Résumé
Forte de 7 ans d'expérience en bioinformatique, j'ai développé et déployé des pipelines d'analyse génomique complexes, réduisant le temps de traitement des données de séquençage de nouvelle génération de 25%. Mon expertise inclut la modélisation des interactions protéine-ligand et l'optimisation de l'annotation fonctionnelle de variants génétiques pour des applications en recherche pharmaceutique et en diagnostic.
J'ai contribué à l'identification de biomarqueurs potentiels pour des maladies rares, en utilisant des algorithmes d'apprentissage automatique et des méthodes statistiques avancées. Maîtrise des environnements HPC et des langages de programmation clés comme Python et R pour l'intégration et l'interprétation de données omiques.
Expérience Professionnelle
Bioinformaticienne Scientifique Senior, BioGenomix Solutions -- Lyon, France
Septembre 2020 – présent
-
Conception et implémentation de pipelines bioinformatiques pour l'analyse de données de séquençage ARN monocellulaire, permettant une caractérisation plus fine des types cellulaires et des états pathologiques.
-
Développement d'outils de visualisation interactifs pour les données génomiques, améliorant l'interprétation des résultats par les biologistes et les cliniciens de 30%.
-
Supervision de deux bioinformaticiens juniors et contribution à la rédaction de propositions de subventions, obtenant un financement de 500 000€ pour un projet sur la génomique du cancer.
-
Optimisation des algorithmes d'alignement et d'appel de variants, réduisant le temps de calcul moyen par échantillon de 15%.
Bioinformaticienne Chercheuse, Institut Pasteur de Lyon -- Lyon, France
Janvier 2017 – Août 2020
-
Analyse de données métagénomiques issues de microbiomes complexes, identifiant de nouvelles associations entre la composition microbienne et les maladies inflammatoires.
-
Développement de scripts Python et R pour l'intégration de données multi-omiques (génomique, transcriptomique, protéomique) et l'identification de réseaux de régulation.
-
Participation à la publication de 3 articles scientifiques dans des revues à comité de lecture, dont un en tant que co-premier auteur, sur l'analyse de l'expression génique différentielle.
-
Gestion et maintenance de bases de données biologiques relationnelles pour le stockage et l'accès efficace aux données de recherche.
Formation
Université Claude Bernard Lyon 1, Doctorat (PhD) en Bioinformatique et Modélisation -- Lyon, France
Septembre 2013 – Décembre 2016
Université Claude Bernard Lyon 1, Master Recherche (M2) en Bioinformatique et Biostatistiques -- Lyon, France
Septembre 2012 – Juin 2013
Université Claude Bernard Lyon 1, Licence (L3) en Biologie et Informatique -- Lyon, France
Septembre 2009 – Juin 2012
Compétences
Compétences Techniques: Analyse Génomique (NGS, RNA-Seq, scRNA-Seq, WGS), Métagénomique, Transcriptomique, Épigenomique, Modélisation Moléculaire, Docking, Dynamique Moléculaire, Phylogénétique, Bioinformatique Structurale
Langages et Outils de Programmation: Python (Pandas, NumPy, Biopython, Scikit-learn), R (Bioconductor, ggplot2, DESeq2), Bash, SQL, Git, Snakemake, Nextflow, Docker
Plateformes et Bases de Données: Environnements HPC, Galaxy, NCBI, Ensembl, UniProt, PDB, GATK, samtools, bedtools
Statistiques et Apprentissage Automatique: Statistiques inférentielles, Tests d'hypothèses, Régression, Classification, Clustering, Réduction de dimensionnalité, Apprentissage supervisé/non supervisé
Logiciels et Visualisation: Jupyter Notebooks, RStudio, PyMOL, Chimera, Tableau, PowerBI
