Sanne van den Berg

• Telefoon: +31 6 28123456
• E-mail: sanne.vandenberg@email.com
• Locatie: Rotterdam, Nederland
• LinkedIn: sanne-van-den-berg-bioinformatics

Samenvatting

Vier jaar ervaring in bio-informatica, gespecialiseerd in het ontwikkelen en implementeren van pipelines voor genomische data-analyse en het integreren van diverse biologische datasets. Succesvol bijgedragen aan de ontdekking van biomarkers en de optimalisatie van dataverwerking, wat heeft geleid tot snellere onderzoeksresultaten.

Bedreven in het werken met high-throughput sequencing data, het toepassen van statistische methoden en het visualiseren van complexe biologische informatie voor zowel onderzoekers als clinici.

Werkervaring

Bio-informaticatechnicus, Genomics Lab Nederland -- Rotterdam, Nederland

Maart 2021 – heden

• Ontwikkelde en onderhield geautomatiseerde pipelines voor de analyse van RNA-seq en WGS-data, wat de doorlooptijd met 25% verkortte.

• Voerde kwaliteitscontroles uit op ruwe sequencing data en implementeerde filters om de nauwkeurigheid van de downstream analyse te garanderen.

• Assisteerde bij de interpretatie van genomische varianten en hun potentiële klinische relevantie in samenwerking met medische genetici.

• Implementeerde nieuwe tools en databases (o.a. Ensembl, NCBI, GnomAD) voor annotatie en functionele analyse van genen en eiwitten.

Junior Bio-informaticatechnicus, Biotech Solutions B.V. -- Amsterdam, Nederland

September 2019 – Februari 2021

• Verwerkte en analyseerde microbiële genoomdata, resulterend in de identificatie van nieuwe antibioticaresistentiegenen.

• Creëerde scripts in Python en R voor data-extractie, -transformatie en -lading (ETL) van diverse biologische bronnen.

• Ondersteunde senior bio-informatici bij de validatie van algoritmen voor patroonherkenning in proteomische datasets.

• Documenteerde analyseprotocollen en zorgde voor versiebeheer van scripts en software, wat de reproduceerbaarheid van resultaten verbeterde.

Opleiding

Universiteit Leiden, MSc in Bio-informatica -- Leiden, Nederland

September 2017 – Augustus 2019

Hogeschool Rotterdam, HBO Bachelor in Biologie en Medisch Laboratoriumonderzoek -- Rotterdam, Nederland

September 2013 – Juli 2017

Vaardigheden

Programmeertalen: Python (Pandas, NumPy, Biopython), R (ggplot2, Bioconductor), Bash, SQL

Bio-informatica Tools & Databases: BLAST, Bowtie2, BWA, GATK, SAMtools, VCFtools, IGV, Galaxy, Ensembl, NCBI, UniProt, KEGG

Sequencing Analyse: RNA-seq, WGS, Exoom-sequencing, ChIP-seq, Metagenomica

Data Visualisatie: ggplot2, Matplotlib, Seaborn, Tableau

Besturingssystemen & Cloud: Linux, macOS, Windows, basiskennis AWS/Azure

Overige Vaardigheden: Statistische analyse, Machine Learning (basis), Versiebeheer (Git), Scripting, Pipeline ontwikkeling, Probleemanalyse